网站改版时尽量不要同时更改导航系统。对主要导航系统的修改，往往会使网站上链接结构、页面权重的流动和分配产生重大改变，处理不好将会对网站新页面的收录造成影响。所以应该在网站CMS系统或URL系统修改完成几个月之后，收录已经恢复原有水平之后再修改导航系统。
同样，无论是页面设计改版，还是采用新的CMS或URL系统，不要同时修改网站内容，要确认网站收录没有问题之后，再优化页面内容。
对大的网站来说，无论怎样小心，重大改版经常不能保证顾及到所有URL，这时一个恰当的404页面就变得很重要了。404页面的设置请参考页面优化部分的说明。正确设置404页面，搜索引擎会自动把已经不存在的页面从数据库中清除，但需要一段时间。
网站改版经常是商业决定，不是SEO部门所能控制的。SEO人员必须参与到改版的计划过程中，提前认真规划，预想到所有可能的情况，尽量一次改版正确，避免改动改去。尤其是URL有变化时，搜索引擎对大量新出现的URL会很敏感，需要重新收录、计算权重，也很可能出现一段沙盒期。如果不能一次完成，多次更改很可能对网站产生重大负面影响。